1. เมื่อทำความสะอาดขวดน้ำแก้วสองชั้น ควรใช้ผ้าเนื้อนุ่มและน้ำอุ่นทำความสะอาด ก่อนและหลังการใช้งาน เราควรทำความสะอาดให้ดี นอกจากนี้ ควรรักษาขวดน้ำแก้วสองชั้นให้สะอาดและเป็นระเบียบเรียบร้อยเพื่อสุขภาพของเราด้วย
2. เมื่อมีสิ่งสกปรกตกค้างอยู่ในขวดน้ำแก้วสองชั้น ควรแช่ในน้ำอุ่นเป็นระยะเวลาหนึ่ง จากนั้นทำความสะอาดเมื่อสิ่งสกปรกอ่อนตัวลง ห้ามใช้วัตถุมีคมขีดข่วนตัวขวดน้ำแก้วสองชั้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งอย่าใช้ลูกบอลทำความสะอาดโลหะ เพราะวัตถุเหล่านี้จะทิ้งรอยขีดข่วนบนตัวขวดน้ำแก้วสองชั้น ซึ่งจะส่งผลต่อความโปร่งใสและความสวยงามของขวดน้ำแก้วสองชั้น
3. อย่าเติมน้ำเดือดลงในขวดน้ำแก้วสองชั้นจนเต็มเกินไป เพราะหากเติมมากเกินไปจะไม่ดีต่อการดื่ม และอาจทำให้เกิดการไหม้ได้ เมื่อระดับน้ำสูงเกินไปและปิดฝา วงแหวนปิดผนึกภายในฝาจะจมอยู่ในน้ำเดือด ซึ่งจะส่งผลต่อประสิทธิภาพการปิดผนึกและอายุการใช้งานของวงแหวนปิดผนึกหลังจากใช้งานเป็นเวลานาน
4. ขวดน้ำแก้วสองชั้นไม่สามารถอุ่นในเครื่องนึ่งฆ่าเชื้อและเตาไมโครเวฟได้ หากใช้ความร้อนสูงเกินไป ตัวขวดน้ำแก้วสองชั้นอาจเสียรูปหรือแตกร้าวได้ ซึ่งเราควรคำนึงถึงเรื่องนี้ด้วย
เมื่อใช้ขวดน้ำแก้วสองชั้น ควรจัดการด้วยความระมัดระวังเพื่อหลีกเลี่ยงความเสียหายหรือการตกหล่น เมื่อมีเด็กอยู่ในบ้าน ควรวางไว้ในสถานที่ที่เด็กเข้าถึงไม่ได้ โดยเฉพาะเมื่อขวดน้ำแก้วสองชั้นเต็มไปด้วยน้ำเดือด เพื่อป้องกันอุบัติเหตุจากการถูกน้ำร้อนลวก