Momenteel worden de waterflessen op de markt voornamelijk verdeeld in glazen, plastic, aluminium en roestvrijstalen waterflessen, afhankelijk van de materialen. Glazen waterbekers zijn kwetsbaar, omvangrijk en niet gemakkelijk mee te nemen.
Plastic waterflessen kunnen ook worden onderverdeeld in PP- en PC-materialen. Veel voorkomende waterflessen, space cups en babyflessen zijn gemaakt van PC-materialen, die gemakkelijk het giftige bisfenol A (BPA) kunnen vrijgeven bij verhitting of directe blootstelling aan de zon. BPA is vooral gevaarlijk voor baby's. Veel landen in Europa en de Verenigde Staten hebben BPA op de lijst met verboden chemicaliën gezet. Alleen PP-materiaal (met BPA Free Logo) kan veilig worden gebruikt.
Aluminium waterflessen zijn gemaakt van aluminium met een hoge zuiverheidsgraad en zijn aan de binnenwand gecoat met epoxyhars. Modern medisch onderzoek toont aan dat aluminium zich te veel ophoopt in het menselijk lichaam, wat kan leiden tot mentale achteruitgang, geheugenverlies en de ziekte van Alzheimer. Daarom moeten mensen, met name tieners, proberen het gebruik van aluminium servies en kookgerei te verminderen.
De roestvrijstalen waterfles is gemaakt van hoogwaardig 18/8 medisch roestvrij staal (d.w.z. 304 roestvrij staal). De dikte van de fles is 0,4 mm tot 0,5 mm. De binnenwand van de fles is vrij van coatings, schadelijke chemicaliën en gifstoffen. Het is een geprefereerd alternatief voor traditionele plastic en aluminium waterflessen. Momenteel wordt 201 roestvrij staal (inclusief 3,5-5,5% nikkel) op de markt gebruikt en de corrosiebestendigheid is veel slechter dan 304 roestvrij staal (inclusief 8-10% nikkel), en de prijs is slechts de helft.
Er is niet veel verschil tussen het gewicht van een roestvrijstalen waterfles en een aluminium waterfles. Er zit een stempellijn in de roestvrijstalen waterfles en de aluminium waterfles is niet gemakkelijk te wassen vanwege de binnencoating.