من بين جميع زجاجات المياه المصنوعة من المواد، فإن زجاجات المياه الزجاجية هي الأكثر صحة. لا تحتوي زجاجات المياه الزجاجية على مواد كيميائية عضوية في عملية إطلاق النار، كما أن سطح الزجاج أملس وسهل التنظيف، ولا تتكاثر البكتيريا والأوساخ بسهولة في الجدار الزجاجي، لذلك فإن الناس يشربون الماء بزجاجة مياه زجاجية هي الأكثر صحة وأمانًا.
يجب أن تكون زجاجات المياه البلاستيكية غير مرغوب فيها أيضًا. نظرًا لأن المواد الملدنة غالبًا ما تُضاف إلى البلاستيك، والتي تحتوي على بعض المواد الكيميائية السامة، فعند ملء زجاجات المياه البلاستيكية بالماء الساخن أو المغلي، يمكن أن تتحلل المواد الكيميائية السامة بسهولة في الماء، والبنية الدقيقة الداخلية للبلاستيك بها العديد من الثقوب، والتي تخفي الأوساخ، ومن السهل تكاثر البكتيريا إذا لم يتم تنظيفها بشكل صحيح. لذلك، عند اختيار زجاجات المياه البلاستيكية، من الضروري اختيار زجاجات المياه المصنوعة من البلاستيك الصالح للأكل والتي تلبي المعايير الوطنية.
على الرغم من أن زجاجات المياه الزجاجية لا تحتوي على مواد كيميائية وسهلة التنظيف، إلا أنه من السهل على المستخدمين أن يبيضوا أنفسهم عن غير قصد بسبب موصليتها الحرارية القوية. إذا كانت درجة حرارة الماء مرتفعة للغاية، فقد يتسبب ذلك في انفجار زجاجات المياه الزجاجية، لذلك من الضروري تجنب ملء الماء الساخن قدر الإمكان. الأكواب المعدنية، مثل الفولاذ المقاوم للصدأ، أغلى من الأكواب الخزفية. العناصر المعدنية الموجودة في كوب المينا مستقرة عادةً، لكنها قد تذوب في البيئة الحمضية. ليس من الآمن شرب المشروبات الحمضية مثل القهوة وعصير البرتقال.
تعتبر الأكواب الملونة جذابة، ولكن من الأفضل عدم استخدامها، وذلك لأن هناك مخاطر كبيرة مخفية في تلك الصبغات الزاهية، وخاصة الجدران الداخلية المزججة. فعندما تُملأ الأكواب بالماء المغلي أو المشروبات ذات الحموضة والقلوية العالية، فإن العناصر المعدنية الثقيلة السامة مثل الرصاص الموجودة في هذه الصبغات تذوب بسهولة في السوائل. وعندما يشرب الناس سوائل تحتوي على مواد كيميائية، فإن ذلك يسبب ضررًا لجسم الإنسان.